Los trabajos preliminares para la creación de la Facultad de Odontología en el País se realizaron gracias a los profesionales nucleados en el Colegio de Cirujanos Odontólogos del Paraguay, ya en 1929, presentaron al Congreso Nacional el Proyecto de creación de una Facultad de Odontología el cual no pudo ser estudiado.

El 7 de mayo de 1932 abre sus puertas una Escuela de Odontología, dependiente de la Facultad de Ciencias Médicas, cuyo funcionamiento se malogró a raíz de la contienda con Bolivia.

La creación de la Facultad fue por  decreto Ley Nº 10730 del Poder Ejecutivo de fecha 19 de abril de 1937, siendo Presidente de la República el Cnel. Rafael Franco y Rector de la UNA el Dr. Cecilio Báez.

En la elección realizada el 13 de mayo del mismo año, bajo la presidencia del Rector en el local de la Universidad Nacional se constituye el Consejo Directivo provisorio de la Facultad. Se nombra Decano Interino de la Facultad, en carácter ad honorem, al Dr. José María Galiano.

El 6 de setiembre el Consejo aprobó el proyecto de Plan de Estudio, que comprendía un ciclo de 5 años y el título de “Doctor en Odontología”. Ambos proyectos se elevaron al Consejo Superior Universitario y fueron aprobados definitivamente el 11 de setiembre.

La Autonomía Administrativa fue concedida por decreto del Poder Ejecutivo del 26 de octubre de 1937. El solemne acto inaugural se llevó a cabo el 12 de marzo de 1938 a las 18:00 hs. presidido por el Dr. Félix Paiva Presidente de la República y contó con la asistencia de los señores Ministros del P. E., Miembros del Poder Judicial, autoridades de la Universidad Nacional y de otras Instituciones Académicas.

Cabe destacar que el primer Claustro de Profesores de la Facultad ofreció la más amplia y leal colaboración, intención que se materializó con el ofrecimiento y donación de 3 meses de sus haberes.

En febrero de 1938, un centenar de matriculados, divididos en dos secciones, esperaban la iniciación de los cursos cuya inauguración fue fijada para el día sábado 12 de marzo  La primera conferencia la dictó el Dr. Juan Boggino Prof. de Histología, esto ocurría el miércoles 16 de marzo a las 10:00 hs.

El Consejo Directivo dispuso festejar el día de la Odontología el 3 de octubre en conmemoración de la solemne reunión del Primer Congreso Panamericano, (Santiago de Chile 3/10/1917).

Los primeros 36 Doctores en Odontología egresaron en 1944 y a partir de ahí hasta la fecha han egresado más de 2000 profesionales, entre quienes se cuenta a destacados colegas de brillante actuación en el campo científico, cultural y político del país.

El 15 de noviembre del año 2011 el Consejo Directivo de la Agencia Nacional de Evaluación y Acreditación de la Educación Superior (ANEAES) certificó en su sesión 30/2011 la acreditación de la Facultad de Odontología de la Universidad Nacional de Asunción en el Modelo Nacional y MERCOSUR – ARCU-SUR.